พลตรี พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงประจักษ์ศิลปาคม สมัยดำรงตำแหน่งเป็นข้าหลวงใหญ่ ผู้สำเร็จราชการหัวเมืองลาวพวน ได้ทรงสร้างวัดโนนหมากแข้ง (เคยเป็นวัดร้าง) แล้วมีภิกษุจำพรรษาอีกครั้ง เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น วัดมัชฌิมาวาส เมื่อราว พ.ศ. 2436 พร้อมกับการสร้าง เมืองอุดรธานีขึ้น วัดมัชฌิมาวาสจึงได้ขึ้นชื่อว่าเป็นวัดที่เป็นวัดคู่บ้านคู่เมืองอุดรฯจนตราบเท่าทุกวันนี้

ก่อนจะมาเป็นวัดมัชฌิมาวาส วัดมัชฌิมาวาสเป็นวัดร้างมาก่อน ชื่อว่าวัดโนนหมากแข้งแต่หลักฐานที่พอให้ทราบได้ว่าเป็นวัดร้างนั้น ก็มีอยู่ 2 อย่าง คือเจดีย์ศิลาแลงตั้งอยู่ที่โนน (เนิน) ประชาชนเล่าสืบกันมา ว่าเจดีย์นั้นได้ครอบ หรือ คร่อมตอหมากแข้งขนาดใหญ่ และมีพระพุทธรูปหินขาว ปางนาคปรก (ปัจจุบัน คือ หลวงปู่นาค) อยู่ภายในเจดีย์ ปัจจุบัน พระพุทธรูปหินขาว ปางนาคปรก ก็ได้นำมาประดิษฐานไว้ที่หน้าพระอุโบสถ ให้ชาวอุดรฯและจังหวัดใกล้เคียงได้สักการบูชา กันมาจนถึงทุกวันนี้ และกลายเป็นพระพุทธรูปที่ขึ้นชื่อในเรื่องของความศักดิ์สิทธิ์คู่วัดมัชฌิมาวาสตลอดมา